Stenalt nævnes i historien, så langt tilbage som i 1375. Kongens proviantmester under den Nordiske Syvårskrig, rigsråd Bjørn Andersen er efter al sandsynlighed manden som stod bag opførelsen af hovedbygningen.

I mange år var slægten Schack ejer af Stenalt, men den sidste Schack solgte i 1810 gården. Herefter har utallige ejet gården og i 1992 blev den købt af D. M. Jensen og det satte gang i vedligeholdelsen. I 1995 modtog hun og hendes mand Europa Nostra prisen for en flot restaurering af hovedbygningen.

Der drives i dag økologisk landbrug med frø- og kornavl og ligeledes økologisk skovbrug med juletræer og pyntegrønt.