Skaføgård har da også tilhørt denne slægt. Jørgen Ottosen Rosenkrantz arbejdede for kongen og blev først lensmand på Koldinghus og senere på Dronningborg ved Randers. Efter sit bryllup med Dorthe Lange påbegyndte han i 1559 opførelsen af Rosenholm Slot og i 1577 var han så langt fremme med dette projekt, at han samtidig fik tid til at opføre et nyt gårdsanlæg på det nuværende Skaføgård - dengang hed det Skabygård. Jørgen Rosenkrantz døde i 1596, men Dorthe Lange forblev som enke på Skaføgård indtil sin død i 1613.

I 1852 købte konseilspræsident J. B. Scavenius Estrup herregården. Denne slægt ejer forsat Skaføgård og driver det i dag med økologisk frø- og kornavl. Desuden er der et traditionelt skovbrug med juletræer og pyntegrønt.