Den første ejer af Møllerup er ingen ringere end marsk Stig Andersen. Han blev dømt fredløs som en følge af den meddelagtighed det blev påstået han havde i mordet i Finderup Lade. Her blev kong Erik Klipping myrdet i 1286. I fredløs tilstand søgte han til den nærliggende ø Hjelm, hvor han bl.a. bedrev tiden med falskmøntneri - på den måde kunne han jo genere kongen.

I ikke mindre end 15 generationer og mere end 500 år forblev Møllerup Gods i samme slægts eje. Siden hen har mange adelige slægter ejet godset, der kan nævnes bl.a. Rosenkrantz, Gyldenstierne, Trolle og Ahlefeldt-Laurvig.

Den nuværende ejer er Flemming Lüttichau og han driver stedet med skov- og landbrug. Desuden er der hundepension, jagtvæsen og hestehold på stedet. I østfløjen af staldgården er der indrettet en kro med navnet Hubertus Kroen.