Stedet, hvor slottet ligger har der tilbage i den tidlige middelalder ligget en befæstet borg, som dog er brændt på et tidspunkt. 

Af berømte ejere gennem tiderne kan nævnes Panter slægten, som stod i opposition til kong Valdemar Atterdag. Senere overtog Conrad Reventlow stedet lige efter at svenske hærenheder havde slidt grundigt på slottet i 1658. Reventlow var far til Anna Sophie - hun blev bortført fra stedet som kun 19-årig, i 1712 af kong Frederik IV. Kongen ægtede Anna Sophie til venstre hånd. Ni år efter "brylluppet" blev Anna Sophie dog til dronning af Danmark eftersom dronning Louise døde. I 1730 døde så kongen og Anna Sophie fik Clausholm som enkesæde.

Clausholm Slot skiftede herefter ejer en enkelt gang inden slægten Huitfeldt overtog stedet. Samme slægt, nu 8 generationer senere sidder stadig på Clausholm.

I dag drives Clausholm med både landbrug og skovbrug. Samtidig har det jyske Haveselskab etableret sig på stedet med både café og butik i avlsgårdens gamle forpagterbolig.